在和临床医生交流的过程中，经常会被问到一个问题：你们的基因Panel是依据什么设计的，这些基因测出阳性结果能用于临床诊断吗？之前ClinGen给了一个评价基因-疾病表型关系有效性的体系，对于男性不育panel的设计也有文章给出了一些建议，参考这里。
ACMG在11月16日发表文章，在ClinGen的评价体系基础上，给出了一个明确的技术标准供大家参考。
需要注意的是，本技术标准适用于临床诊断（有明确疾病指证），不适用于筛查（携带者筛查等没有指证的测试）。
本文提出了两个新词：
GAD：GeneassociatedwithMendeliandisorder，孟德尔遗传病基因，参考ClinGen的标准，至少需要中等以上证据强度的基因。
GUS：Geneofuncertainsignificance，临床意义不明基因，在ClinGen标准中有限或者有争议的基因。
由于图1把整个流程说的很清楚，直接翻译。
一些认识
ACMG的Panel设计技术标准是基于ClinGen的GeneCuration评价框架之上的，需要对该体系认知足够，否则没有办法区分GAD和GUS
GUS可能带来VUS（临床意义不明的变异），给患者带来困扰，给临床造成麻烦
ACMG提到的Panel显然不是特指NGSpanel，如果必要的话还可以包括PCR、Sanger等方法
设计panel不能把基因列表丢到探针厂家的自动设计软件里就完事了，而是需要确切知道哪些基因容易高发（Panel重中之重，必要时补充其它方法保证检测敏感性），哪些基因有假基因（测得准就补方法，测不准宁可不要），有哪些变异类型不可以用NGS检测（补其它方法）等等
如果能够了解基因的贡献度（例如上图中光一个GENE1就能解释60%），那么可以考虑把这类“核心基因”单独设计一个小Panel来节省费用，但原则上需要有一个Panel包含所有该疾病的GAD基因，防止漏检罕见类型
有些基因虽然不属于目标疾病，但可以用于鉴别诊断，也可以放进来。例如检测家族性肥厚性心肌病（HCM）的Panel可以考虑加入Fabrys病等，因为表型是类似的
NGS设计好时需要关心参数问题，是不是覆盖度差、某些区域GC高等，导致有些外显子可能测不到？
如果疾病类型有体细胞镶嵌（somaticmosaicism），需要测试Panel的Cut-off
转录本的选择需要列在报告里
CNV的报告要小心，需要仔细验证，尤其是确定CNV的大小
总结一个基因Panel的好坏，比的不是谁的基因多，而是设计的合理性。这里面包括临床和技术两部分。临床（医生）需要对基因型-表型认知足够，知道哪些是GAD，哪些是核心基因，哪些是热点变异。清楚这一点后给到技术方。对于技术方（实验室）来讲，需要清楚哪些不可以检测，如何用替代方案来补足，无法补足的要写明白检测局限性。因此，今后双方还需要按照此精神打磨自己的基因Panel，共同提高诊断率，推动诊断学科的发展。
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